自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居的生活，继续着对超自然现象的关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（Billy Connolly 饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有着丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的黑暗远远超出他们的想象。这对合作多年的搭档面临着巨大的考验…… 本片为同名美剧的第二部剧场版。影片最后，Scully做出了选择：坚持给病患进行治疗。不需要告诉观众，这个决定的结果。影片最后一个镜头，高空俯拍，广阔的海面上一艘小艇上两个泳装男女。演到这里，就已足够，Mulder与Scully做了选择，虽然不一定是成功的选择，但两个正直的人做了他们认为正确的事情，我为了这个结局而感动。完美的谢幕，即使不会有下一场，再见，Mulder与Scully。