影片的故事，发生在17世纪中叶德川幕府统治下的日本，西方宗教活动被严令禁止，基督教徒常常受到残酷迫害。葡萄牙传教士葛尔贝和罗德里格斯偷渡来到九州肥前地区，信仰基督教的村民们大为欢欣，为他们提供了藏身之处，两人在官差的严密搜捕下进行秘密传教。之后，向导吉次郎将罗德里格出卖给了官府。在牢中，罗德里格斯看到一对遭到拷问的武士夫妇教徒，妻子为了救丈夫的命选择了退教。而被捕的葛尔贝一直不愿退教，他最后自杀身亡。 罗德里格斯的恩师、二十年前来日本传教失踪的费雷拉突然出现，身着武士服的他已经失去了信仰，还逼迫罗德里格退教。罗德里格斯必须在为了拯救众教徒而退教和忠于信仰殉教之间做出选择。影片将不仅局限于叙述传教士和教徒的经历，而是把许多宗教问题呈现到观众面前。故事中有多次弃教又多次回来忏悔的弱小百姓、有为了救助亲人而毅然叛教的女子、有对神产生怀疑从而离教的教士。故事高潮部分，会有一个两难的局面来考验主人公，这些都能引发出对宗教信仰问题的深层思考。