在《深海越狱》中，中情局的特工惠勒（尚格·云顿饰）醒来时发现自己被囚禁在一艘核潜艇内，而这里正是CIA设在深海处的一座黑狱。在黑狱里，惠勒遇上了同被关押的德国特工马可（杜夫·龙格尔饰）。在经过黑狱中的拷打审讯后，惠勒和马可决定联手逃出这座深海黑狱，证明自己的清白…… 核潜艇中危机四伏，处处都有可能是敌人。迷宫般迂回的通道、各种复杂精密的高科技机关陷阱，逃出去几乎是不可能的事情。更重要的是，能逃到哪儿去？核潜艇位于深海，远离大陆，离开潜艇简直是死路一条。在这样的情况下，两位硬汉又该何去何从？