电影实际上是分上下两部，第一部就是《少林僵尸》，第二部名字叫做《少林僵尸之天极》。故事讲述：（上部）刘家辉带领两个徒弟赶尸来到一个小镇，偶遇与自己有多年宿怨的师兄樊少皇，两人多次冲突，宿怨再生。因缘巧合之下，樊少皇闯入明代一古墓，盗得不少古物，但最后却不慎被邪魔入侵，杀心大起，与赶来救援的刘家辉师徒大打出手，刘师徒三人（外加穿露脐装的师侄女）不敌渐入魔道的樊少皇，仓皇而逃……电影上部至此嘎然而止，前事完。（下部）影片花费一个小时讲述刘樊二人年轻时的故事，如何学艺如何结怨，属于前传或者倒叙，直至影片后半小时才与电影的上部剧情接轨，然后进入影片的高潮，正邪大战，近千僵尸大混战，最后一外太空陨石把所有一切终决，是为“五星连珠，王道灭魔”……      所谓《少林僵尸》，其实和少林没啥关系。并不是僵尸出在少林，法师也不是少林子弟。主角之一刘家辉年幼时是从佛门转投道门，一直保持和尚穿束，但仍是道教传人茅山门下。这里的“少林”其实是影片的一个噱头而已，电影上部，樊刘斗法，下幽冥棋，刘的小徒弟为斗法请出一众少林小和尚，大斗群僵尸，是为上部的亮点，也是片名来源。