电影《沉默的姑娘》故事讲述了近数月来，香港发生了多宗奸杀案，死者全都是年青长发少女，而且均被重物敲碎颊骨致死，再被奸尸，事后尸体旁却摆放了银纸，此案引起城中议论纷纷。死人化妆师邝美枝（袁咏仪）自幼父母双亡，只好独力照顾弱智妹妹美儿（区海伦）。由于她的工作关系，形成性格孤僻，幸得一名心理医生古柏奇（金城武）帮助。怎料，其妹美儿竟成了色魔Pal（单立文）的猎物，在阴差阳错之下，古被误以为是色魔而遭警方控告，古之家姐律师Maggie（邵美琪）惟有出面替他洗脱罪名。另一方面，美枝痛失爱妹，更恼恨古之变态行为，遂决定亲手杀古，而Pal欲设陷阱将见过自己行凶的古置诸死地。同时，更扬言要将Maggie及美枝奸杀，在这样劣势下，她俩如何把变态色魔绳之于法？