《灵界风云》故事讲述了大限将至，老宗主向门徒格弄（林正英饰）和格西报告六合凡间正邪瓜代的事理，随后圆寂。肉身焚化后的舍利子，心术不正的格西劫掠舍利子，打伤格弄。受伤的格弄与徒儿班卓（罗芙洛饰）逃脱，在一家孤儿院找到宗主转世的小活佛，欲将其护送回布达拉宫。格西得悉动静派出帮凶追杀二人，格弄自知命不久矣，用通灵术向小活佛拜托死后之事。火车上，小活佛遇上了从广州欲偷渡到香港的的大陆仔小吉。小吉和小活佛到香港之後，便依著小吉之友所给的地址，找到身兼幼儿园教师的女赌徒万美娥，万不情愿的暂时收留两人。格弄通灵要弟子尽速至香港保护小活佛。格弄此时亦藉由各种不同的方式，传授小活佛法术，欲点化启发小活佛，助他看清世事，脱离险境，成为真正的灵童活佛，并重回布达拉宫