第二季讲述了Pazzi阴谋导致佛罗伦萨陷入混乱，Lorenzo病入膏肓，达芬奇必须拼尽全力保护这座城市不落入罗马军队手中。Medici家族决定采取极端手段来处理新的威胁，达芬奇则踏上寻找传说中的《Book Of Leaves》的旅程，同则踏上寻找传说中的《Book Of Leaves》的旅程，同时将调查和母亲有关的秘密历史。他将面对比教皇Sixtus更可怕的敌人。他将来到一个远离家乡的地方，他的见闻将迫使他重新评估自己所了解的一切——包括他对世界的看法和他对自己的历史的认知。