《小黄人》的故事要从小黄人的始祖黄色单细胞生物开始说起。经过多年的演变，小黄人习惯了在卑鄙的主人身边生活，一天不作恶就全身难受。在漫长的时间长河中，他们所服务的对象从霸王龙到拿破仑，等等等等，不一而足。但是在和平年代里，小黄人渐渐找不到了自己的主人，慢慢地陷入了忧伤之中。不过，就在这个时候，一个叫做凯文的小黄人带着斯图尔特和鲍勃开始了自己的新计划——他们要找到新的主人，并且辅佐他的作恶事业。坚持不断的寻找，让他们找到了自己的新主人——有史以来最坏、最没有底线的女性大坏蛋斯嘉丽·杀人狂（Scarlet Overkill）。在整个1960年代，他们从纽约开始作恶，一直走到了伦敦。而在伦敦，小黄人却发现自己面临着新的挑战——他们要挽救自己的整个种族……