《特工卡特》的剧情紧接着漫威大片《美国队长》（Captain America），讲述被称作“美国队长”的史蒂夫·罗杰斯（Steve Rogers）遭遇冰封之后，失去爱人的佩姬·卡特继续打击敌人，并且与“钢铁侠”老爹霍华德·斯塔克（Howard Stark）建立神盾局（S.H.I.E.L.D.）的故事。