故事讲述光绪帝(敖嘉年饰)被慈禧太后(罗兰饰)禁闭在中南海瀛台。郭晋安饰演的民间医师杜仲因医术高明奉命入宫为慈禧诊治怪病,慈禧不药而愈,遂封杜仲为御医。杜仲虽知“伴君如伴虎”的道理但也无奈接受。杜仲身为御医期间,不但令宫廷内多年未能根治的怪病迎刃而解;更因长期医治光绪及帮助光绪、珍妃(朱晨丽饰)这段苦恋人,而得到了光绪的信任。但遗憾的是,杜仲虽是名医却不能治好残障妻子洪百合,唯有求助身怀祖传推拿秘技的跌打医师伏苓(杨怡饰)。两人渐渐友情深厚还渐生情愫,但碍于百合的关系,只能一直将感情埋藏心底。而伏苓入宫其实也有秘密任务,因为她乃革命党成员,在医术、政见上均与杜仲各持己见。 电视剧由郭晋安、杨怡、罗兰及敖嘉年等主演,聚焦中国清末时期皇帝身边的御医杜仲,他在宫中既为皇帝治病又为其分忧,但自己却为情所困,和女主角杨怡之间相互欣赏却无法相恋。剧集的背景是清末历经甲午战争、戊戌变法失败后,清朝朝政及社会变得动荡。而清末皇帝光绪之死一直被视为近代史上的一大悬案,其死于危疾或是“毒害”都是一个谜。剧集以倒叙方式讲述,以该悬案作序幕,从御医杜仲的视角记载中国清末的治乱及宫廷恩怨。