《枪神记》动画根据同名人气网游改编而来，在《枪神记》的世界中，超时代科技“基因锁”使人类身体机能得到了极大的增强。围绕基因锁这一新型军备，各国纷纷建立学院培养特工。随着针对“基因锁”的实验的突破和应用，加上外来神秘种族的威胁，使世界逐步陷入了战争的泥潭。 混战结束后，特工中的佼佼者“枪神”仅存在都市传说之中，两大特工组织“深海”与“荒蛇”互不相扰，一派祥和之下，暗潮仍在翻涌，历史的巨轮从未停止转动?