国际能源会议即将在滨海市召开，以“蝴蝶”组织为首的境外间谍组织潜入滨海市，欲不惜代价破坏会议。滨海市国家安全局侦察处副处长石清泽率领部下与该间谍组织展开了一场高端的心理战、技术战……[1] 　　“黄蝶”梵一平是间谍组织的骨干，他布署恐怖破坏方案的同时对石清泽展开心理战：派季少锋去接近石清泽的女朋友——报社专栏作家肖子茹，通过季少锋的弟弟——电脑高手阿伦频频向石清泽发送骚扰恐吓短信，欲从感情上和精神上摧毁石清泽。还故意透漏一些误导线索，企图将国安调查工作引入歧途，石清泽通过理性分析，决定将计就计…… 　　肖子茹因工作关系结识心理医生孙晴，而孙晴却正是石清泽的中学同学，二人多年前有过短暂恋情。石清泽的“心理问题”越来越严重，成了心理诊所的常客，而他的病历也成为梵一平的重要情报。为查清季少锋的底细，石清泽不得已对肖子茹进行监控，两人误解加深。 　　季少锋接受整容手术，变成滨海市国家安全局侦察员孟小风的模样进入孟家。陈亦佳感觉到这个“孟小风”有问题，石清泽试探后确定这个孟小风是个冒牌货，但暂时不能打草惊蛇。季少锋在得知阿伦早已遇害后，把复仇矛头指向梵一平，并把真相告知肖子茹，季少锋换出了被囚的孟小风，自己与梵一平同归于尽…… 　　随着会议的临近，潜伏在滨海市的“蝴蝶”组织成员逐一被石情泽清除。可是就在国际能源会议如期召开的紧要关头，另外一个隐藏更深的“红蝶”终于浮出了水面，并出人意料地将爆炸装置带进了会议现场…… 　　洞悉了间谍组织最终阴谋的石清泽毅然举枪，指向了准备启动爆炸装置的“红蝶”…… 《谍变》中的玉佩是一块刻有古体“道”字的玉石，是推动剧情发展的一个重要道具。此玉佩由剧组请工匠订做而成，价值不菲，本打算在新闻发布会召开时由王学兵向媒体展示，可惜不慎遗失。王学兵号召广大粉丝展开“寻宝行动”后，粉丝们随即在网上发起了一场“疯狂的石头”行动，纷纷跟帖发表自己的意见和看法，争相提供玉佩的线索。